В 2008 году Бернс занял пост заместителя государственного секретаря по политическим вопросам при госсекретаре
Кондолизе Райс и сохранил его при
Хиллари Клинтон. Приоритетным направлением его работы в этот период были отношения США с
Ираном. В 2011 году Хиллари Клинтон назначила его своим заместителем. В этой должности он оставался и при главе Госдепа
Джоне Керри. Бернс принимал участие в принятии решений
администрации Обамы, касающихся "перезагрузки" отношений с Россией и укрепления стратегического партнерства с Индией. Клинтон называла Бернса "настоящим сокровищем американской дипломатии", а Джон Керри, принимая его отставку в ноябре 2014 года, благодарил его за дипломатию, которая "заслужила доверие как республиканской, так и демократической администраций".