Ученые выяснили, когда коронавирус летучих мышей стал человеческим
Эволюционный анализ генома нового коронавируса SARS-CoV-2 показал, что он отделился от наиболее тесно связанных с ним вирусов летучих мышей примерно 40–70 лет назад. Результаты исследования опубликованы в журнале Nature Microbiology.
Биологи из США, Бельгии, Великобритании и Китая под руководством профессора Дэвида Робертсона (David Robertson) из Центра вирусных исследований Университета Глазго проанализировали эволюционную историю SARS-CoV-2. Для этого они использовали геномные данные о сарбековирусах — представителях подрода коронавирусов, вызывающих тяжелый острый респираторный синдром, к которым относятся в том числе SARS-CoV и SARS-CoV-2.
Известно, что коронавирусы между собой активно рекомбинируют — обмениваются генетическим материалом, и различные геномные субрегионы вируса могут иметь разных предков. Задача ученых заключалась в том, чтобы выявить те области вируса, которые не подвергались рекомбинации и которые можно использовать для реконструкции его эволюции.
В статье сообщается, что наиболее близким к SARS-CoV-2 оказался вирус летучей мыши RaTG13. Совпадения составляют 96 процентов генома, но есть и различия. Полученные авторами данные указывают на то, что линия, породившая SARS-CoV-2, могла циркулировать у летучих мышей в течение нескольких десятилетий. Сходный коронавирус Pangolin-2019 выявили также у панголинов из китайской провинции Гуандун, поэтому авторы рассматривали и этот вариант.
Результаты предполагают, что RaTG13 и SARS-CoV-2 имеют общую наследственную линию, генетически отличную на 95 процентов от родственных сарбековирусов летучих мышей, обнаруженных в 1948, 1969 и 1982 годах.
При этом рецепторсвязывающий домен (RBD) белка-шипа вируса, который позволяет ему использовать человеческий рецептор ACE2 для проникновения в клетки, генетически более похоже на вирус панголина, и авторы не обнаружили признаков рекомбинации между линией, ведущей к SARS-CoV-2 и другим известным сарбековирусам.
Основываясь на этом открытии, ученые предполагают, что этот белок и его RBD являются наследственным признаком линии, ведущей к SARS-CoV-2, RaTG13 и Pangolin-2019, следовательно, все эти вирусы имели общего предка.
Несмотря на это, авторы утверждают, что панголины вряд ли были промежуточным хозяином вируса и вряд ли играли существенную роль при передаче его человеку. Наследственное положение адаптированных к человеку контактов RBD коронавируса SARS-CoV-2 указывают на то, что эта адаптация, скорее всего, проходила у летучих мышей, но для однозначного заключения, считают ученые, нужны дополнительные исследования, базирующиеся на более широкой выборке.
Авторы отмечаю, что существующее разнообразие и динамический процесс рекомбинации среди клонов сарбековирусов летучих мышей демонстрируют, насколько трудно однозначно идентифицировать зоонозные вирусы, способные вызвать значительные вспышки среди людей, до их появления, и подчеркивают необходимость создания систем наблюдения за вирусами в реальном времени. Это позволит вовремя обнаруживать новые патогены, вызывающие болезни человека, и классифицировать их, считают ученые.