Российские ученые создали программу для анализа иммунитета
Группа учёных из Института биоорганической химии РАН разработала многофункциональный браузер VDJviz для работы с большими объёмами данных, получаемых с помощью современных средств анализа последовательностей ДНК. Результаты работы[опубликованы в журнале BMC Genomics. Разработка позволит ускорить процесс анализа данных новой области знаний — иммуногеномики, что поможет создать методы терапии серьёзных заболеваний, связанных с нарушением формирования и функционирования системы адаптивного иммунитета. «Программа получила своё название — VDJviz — от названия групп фрагментов генома, из которых формируются зрелые гены рецепторов В— и Т-клеток иммунной системы, а также антител (или иммуноглобулинов — растворимой формы антиген-распознающего рецептора В-клеток): V — variable, D — diversity и J — joining. Сложный процесс созревания таких генов, называемый V (D) J-рекомбинация, лежит в основе формирования адаптивного иммунитета — защитной системы организма, теоретически способной противостоять любому встречаемому патогену и предотвращать развитие опухолей», — отметил кандидат биологических наук, научный сотрудник Лаборатории сравнительной и функциональной геномики Института биоорганической химии РАН Иван Звягин. В ходе VDJ-рекомбинации по одному фрагменту из каждой группы V, D и J соединяются вместе, образуя уникальную последовательность, кодирующую антиген-распознающий участок рецептора. Такой процесс происходит в организме множество раз при созревании каждой В— или Т-клетки, в результате чего формируется огромный набор В— и Т-клеток каждая из которых имеет уникальную структуру антиген-распознающего рецептора. Вся совокупность вариантов структуры этих рецепторов называется В— или Т-клеточным репертуаром. Авторы работы отмечают, что cовременные методы молекулярной биологии позволяют определять кодируюущие последовательности этих гипервариабельных рецепторов и иммуноглобулинов — технология RepSeq. Обработка таких данных с помощью различных инструментов биоинформатики помогает исследователям восстанавливать репертуары клеток системы адаптивного иммунитета. Основными преимуществами программы являются: поддержка форматов шести самых популярных инструментов для обработки данных RepSeq (MiTCR, MIGEC, MiXCR, IgBlast, IMGTHighVQuest, ImmunoSEQ), удобный графический интерфейс, наглядное представление характеристик последовательностей гипервариабельных рецепторов, возможность сравнения образцов между собой по многим параметрам, удобный экспорт полученных данных.
