Отверстие в обшивке «Союза» могло быть сделано на космодроме Байконур, эту версию может подтвердить обнаружение герметика на внешней стороне корабля, заявил РИА Новости глава «Роскосмоса» Дмитрий Рогозин. «Мы отрицаем, что это могло быть сделано на Московском заводе. Байконур остается как вариант, или какие-то экзотические версии», — рассказал он. Рогозин добавил, что технологическая цепочка производства корабля устроена так, что к нему не может подойти «чужой человек». Вход в цеха осуществляется по магнитным пропускам, везде стоят камеры. Кроме того, инструмент выдается под расписку для определенных работ. Глава «Роскосмоса» отметил, что если космонавтам удастся после вскрытия экранно-вакуумной теплоизоляции и противометеоритной защиты корабля обнаружить герметик, это будет говорить о земной версии появления «дырки». В конце августа системы МКС зафиксировали утечку воздуха, а экипаж обнаружил отверстие в обшивке «Союза», который пристыковался к станции восьмого июня. Вечером того же дня по совету Центра управления полетами российские космонавты залили отверстие герметиком. Внутренняя комиссия РКК «Энергия» (производитель космического корабля) исключила версию производственного брака. Расследованием занялась комиссия Роскосмоса. Планируется, что осмотр «дыры» снаружи корабля позволит установить, был ли на нее нанесен клей. Если да, это будет служить в пользу версии о земном происхождении отверстия, если нет — в пользу сверления на орбите. Космический корабль «Союз МС-09» будет находиться в составе МКС до 20 декабря, когда нынешняя экспедиция вернется на Землю. При возвращении космонавтов бытовой отсек отстреливается и сгорает в плотных слоях атмосферы. Космонавты приземляются в спускаемой капсуле.