Елена Шишмарева родилась в 1965 году в селе Столбище Лаишевского района. В 1987 году окончила Казанский финансово-экономический институт. Сразу после учебы устроилась бухгалтером в РКБ, после чего в 1991 году стала главным бухгалтером медицинской страховой компании.
1994-1997 — главный бухгалтер, заместитель исполнительного директора — начальник финансового управления Республиканской больничной кассы.
1997-2003 — заместитель начальника отдела финансирования программ по обязательному медицинскому страхованию Департамента Казначейства Министерства финансов Республики Татарстан.
2003-2005 — начальник планово-экономического управления ГУП «Таттехмедфарм»
2005-2011 — первый заместитель директора по экономическим вопросам, первый заместитель исполнительного директора государственного учреждения «Фонд обязательного медицинского страхования Республики Татарстан».
24 мая 2011 года Елену Шишмареву назначили заместителем министра здравоохранения Республики Татарстан.
