18 января 1999 года
Генеральная прокуратура возбудила против него уголовное дело в связи с хищением средств
авиакомпании "Аэрофлот". 6 апреля того же года Генпрокуратура объявила предпринимателя в розыск по обвинению в незаконном предпринимательстве и легализации средств, приобретенных незаконным путем. 5 ноября 1999 года обвинения по "делу Аэрофлота" с Березовского были сняты, однако 1 ноября 2000 года стало известно, что Генпрокуратура намеревается предъявить повторное обвинение по этому делу. Березовский, находясь за границей, принял решение не возвращаться в Россию и впоследствии получил политическое убежище в
Великобритании. В общей сложности в России против него было возбуждено 13 уголовных дел (по отмыванию денег, хищению акций
"АвтоВАЗа" и "ЛогоВАЗа", за заведомо ложный донос, незаконное приобретение государственной дачи в поселке Жуковка, призывы к массовым беспорядкам и др.). 29 ноября 2007 года заочно осужден Савеловским судом
Москвы на 6 лет лишения свободы (по "делу Аэрофлота"), 26 июня 2009 года заочно осужден судом
Красногорска к 13 годам (по делу о хищении свыше 143 млрд неденоминированных рублей у компаний "ЛогоВАЗ" и "АвтоВАЗ").