Неэме Кунингас около двадцати лет проработал главным режиссером Эстонской национальной оперы. Ставит спектакли в театрах России, Китая, Франции, Германии, Литвы, Финляндии, Швеции, Норвегии, Венгрии и Турции. Одно из последних достижений режиссера – опера «Валленберг» (в соавторстве с всемирно известным российским оперным режиссёром
Дмитрием Бертманом), которая взяла культурную премию республики Эстония за выдающуюся работу.